創始於一九一九年三月二十六日,當時稱為『噍吧哖信用組合』營業區域涵括現今玉井、南化、楠西三個區,營業項目也僅有存款業務,工作人員亦僅有一人。時至一九二○年,『噍吧哖信用組合』更名為『玉井信用組合』。一九二七年,由於南化地區人口增加,乃又成立『南化信用組合』。一九三一年十月再成立『楠西信用組合』,從此,南化、楠西與『玉井信用組合』分開獨立。玉井信用組合至一九三六年增加購銷業務,再改名為「玉井信用販賣購買利用組合」,至一九四四年,中日戰起,日本政府為了加強搜集糧食物資,又改稱「玉 井庄農業會」。至一九四六年農業會又改組並劃分為「玉井鄉合作社」與「玉井鄉農會」,最後於一九四九年十月二十日又合併成為「玉井鄉農會」。二○一一年因應臺南縣市合併升格為直轄市改名為「臺南市玉井區農會」。一九六○年代,玉井能打造出「芒果的故鄉」耀眼光環,改寫整個農村經濟發展史奇蹟,農會扮演著開創與輔導多功能角色,居功厥偉。


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